HBK gjorde en bit in på vardera halvlek mål men tappade 0-2 till 2-2 efter 1-2 i 68:e minuten och 2-2 i 84:e.
HBK tog ledningen efter nio minuter när Yannick Agnero sköt in ledningsmålet. Mäenpää spelade sedan fram inbytte Birnir Snaer Ingasson som gjorde 0-2 och HBK kontrollerade matchbilden.
Men hemmalaget Trelleborg kom i fatt och visade att kvaliteten från att ha vunnit sin cupgrupp fanns kvar. Oskar Ruuska gjorde båda målen.
- Det är ganska tydligt vad vi gör bra och vad vi har kvar att lära. Det har vi konstaterat redan innan och får jobba vidare på det, sa Johan Lindholm efter matchen.
Trelleborgs FF - Halmstads BK, 2-2 (0-1)
Startelva Tim Erlandsson - Gabriel Wallentin, Pascal Gregor, Bleon Kurtulus - André Boman, Joel Allansson, Niilo Mäenpää (Gisli Eyjolfsson, 77), Pawel Chrupalla - Villiam Granath, Yannick Agnero (Blair Turgott, 85), Naeem Mohammed (Birnir Snaer Ingasson, 59)
Avbytare utan spel Tim Rönning, Filip Schyberg, Gustav Friberg, Marcus Olsson, Alexander Damnjanovic Nilsson, Måns Andersson
Mål 0-1 (9) Yannick Agnero (Naeem Mohammed), 0-2 (64) Birnir Snaer Ingasson (Niilo Mäenpää), 1-2 (68) Oskar Ruuska, 2-2 (84)